幻痛时Big Boss明白了自己身处明面，自己必须和Zero一样转战幕后才可能保证自己的安全，所以用了影武者的战略，Big Boss本人转战南非，去建立自己的理想国世外天国去了。
索利德当时作为新兵雹中，本是作为一枚棋子去调查世外天国，Big Boss在猎狐犬后方负责指挥，本身没指望索利德一路打到最后，并发现了幻影的存在，索源核利德认为幻影就是BB本人，这下子BB本人为了保住自己有替身的秘密就必须选择消失，就好比《让子弹飞》里的黄四郎最后一样。毒蛇被打败后，BB就转战桑给巴尔岛的据点去了，直到MG2中被索利德击败，表面上是死去但其实是深度昏迷，因为牵涉到爆炸和烧伤，BB的躯体残缺不全，所以源裂山要用他的两个克隆人来修复，像他们这类人死去后尸体并不会被晾着，塞弗，也就是”爱国者“的人就迅速清扫现场并把遗体回收低温冷藏，就像XOF在食蛇者行动中做的那样，外界根本不会知道他们的行动。
至于被打败两次的剧情其实是个Bug，因为做4的时候，小岛肯定没想到后面还有5代会被提上日程，就像当初小岛也是因为受到烂作《Snake's Revenge》后才又编写了MG2的剧本，包括后面MGS和MG之间也一样，因为合金系列不想现在其他一些大作有个比较整体的规划，而且小岛也是把每作都当做最后一部来做，可没两年KONAMI就会把合金装备系列再次提上日程，剧情上不可能不出现前后冲突的问题，理解剧情的话就从后往前那样理解，如果剧情有冲突就以新出的为准。